Staffel 3 spielt drei Jahre nach der zweiten Staffel und beginnt um 13 Uhr. Bauer ist seit verdeckten Ermittlungen in einem mexikanischen Drogenkartell heroinabhängig und infiltriert die Gruppe erneut, um zu verhindern, dass tödliche Viren freigesetzt werden. Präsident Palmer wird mit privaten Enthüllungen konfrontiert, die seine Wiederwahl gefährden. Später ist Palmer gezwungen, mit dem Terroristen Stephen Saunders zu kooperieren und ihn davon abzuhalten, die Viren freizusetzen.